Le Comité de direction
Il est composé des représentants des Partenaires, désignés pour une durée de quatre ans renouvelable, ainsi que des membres du Bureau du GIS.
Le Président du Conseil Scientifique participe avec voix consultative aux réunions du Comité.
Chaque Partenaire fondateur désigne deux représentants, les Partenaires institutionnels désignent un représentant.
Le Conseil Scientifique
Il est composé de vingt membres et comporte : un collège de dix personnalités extérieures au GIS CIST et un collège de dix représentants des directeurs d’équipes du GIS CIST.
Le Bureau
Il est composé du Directeur du GIS et de deux Directeurs adjoints.